Jokowi menggunakan pesawat rasmi yang berlepas dari Pontianak, Kalimantan Barat.
Lapangan Terbang Nusantara di IKN itu dijangka beroperasi tidak lama lagi.
Pembinaan fasa pertama landasan sepanjang 2,200 meter di lapangan terbang itu telah siap, walaupun asalnya ia dijangka siap sebelum 17 Ogos lepas.
Ia tertunda akibat hujan lebat di IKN.
Jokowi sebelum ini dilaporkan akan mula bertugas di IKN selama 40 hari bermula 10 September sehingga 19 Oktober ini.
Beliau selepas itu akan digantikan dengan Prabowo Subianto, yang menang Pilihan Raya Presiden Indonesia dan mengangkat sumpah jawatan pada 20 Oktober.