Malik, 22, akan pulang ke Britain sementara anggota kumpulan itu yang lain akan meneruskan jelajah dunia mereka dari Filipina, Afrika Selatan, Eropah dan Amerika Syarikat.
"Zayn telah disahkan mengalami tekanan dan akan terbang semula ke UK untuk berehat," kata jurucakap One Direction.
"Kumpulan ini mengharapkan agar beliau sembuh dan rakan-rakan akan meneruskan persembahan mereka," di Filipina dan Indonesia.
Pengumuman itu dibuat selepas gambar-gambar Malik, yang bakal berkahwin dengan ahli kumpulan Little Mix Perrie Edwards, kelihatan mesra bersama wanita lain disebarkan di internet.
Antara aksi peminat kumpulan One Direction yang mengadakan konsert di Singapura baru-baru ini -Foto Astro AWANI
Salah satu gambar menunjukkan mereka berpegangan tangan dan satu lagi memaparkan Zayn memeluk pinggang wanita itu.
Zayn lantang bersuara menentang spekulasi itu dan meluahkan cintanya kepada Edwards.
"Saya berusia 22 tahun ... Saya suka hanya seorang gadis bernama Perrie Edwards. Ada ramai yang cemburu di dunia ini," tulis Zayn di Twitter kepada 14.1 juta pengikutnya.
Salah sebuah kumpulan pop yang paling popular ketika ini, One Direction, akan meneruskan konsert jelajah antarabangsa mereka sehingga musim panas sebelum membuat persembahan di Britain.
Malik yang berasal dari Bradford di utara England, telah dipilih untuk menyertai One Direction selepas setiap daripada lima orang ahli kumpulan itu menjalani uji bakat secara berasingan untuk rancangan realiti TV X Factor pada 2010.
Pada Khamis, Malik dikenakan bayaran bon tunai ke Filipina kerana kebimbangan penggunaan dadah dan ia juga bagi membenarkan kumpulan itu untuk membuat dua persembahan pada hujung minggu ini.
Bon bernilai US$4,500 setiap seorang dikenakan bagi penyanyi Zayn Malik dan Louis Tomlinson, akan dirampas sekiranya mereka ditangkap menggalakkan atau menggunakan dadah yang tidak dibenarkan, jurucakap Biro Imigresen Filipina Elaine Tan berkata kepada AFP.
Sebuah klip video yang menunjukkan Malik, 22, dan Tomlinson, 23, didakwa menghisap ganja dalam sebuah kereta ketika menjayakan konsert di Peru mengejutkan peminat-peminat wanita kumpulan itu. Penggunaan ganja menyalahi undang-undang di Filipina.